特定口座での損益通算の範囲が異なります。
「配当受入あり」は、譲渡損益と配当金（分配金）の損益通算が可能で、「配当受入なし」は、投資信託の売却益のみについて損益通算を行います。

※ 「配当受入あり」を選択している場合、一般口座で受け取る分配金についても損益通算対象となります。
また、2016年1月から、特定口座に組み入れた国債の利子や償還・売却損益についても損益通算対象となりました。